1 Maret 1951 — Pendirian Awal (MTsS Samalanga)
Didirikan oleh Yayasan Pendidikan Samalanga dengan Akta Notaris No. 43 di bawah pimpinan Tgk. Sulaiman Arsyad. Tempat belajar pertama bertempat di gedung Madrasah Tarbiyah Islam (MTI) Keude Aceh Samalanga dengan 90 siswa dan 15 staf pengajar.
Tahun 1953 — Estafet Kepemimpinan Kedua
Kepemimpinan beralih kepada Tgk. Ahmad Arsyad dengan lokasi belajar menggunakan gedung SKKP. Jumlah siswa berkembang menjadi 200 orang dan didukung 20 orang staf pengajar.
Tahun 1958 - 1963 — Gedung Mandiri Pertama
Madrasah berpindah ke gedung milik sendiri (4 lokal) dengan sistem belajar pagi-sore karena fasilitas dipinjamkan sementara kepada PGA selama 4 tahun. Jumlah murid meningkat menjadi 280 orang.
Tahun 1964 - 1979 — Masa Perkembangan Struktur
Kepemimpinan silih berganti dari M. Ali Arsyad hingga Tgk. Ahmad Maun BA. Jumlah rombel berkembang hingga 7 lokal, mengasuh sekitar 230 siswa dengan bimbingan guru negeri serta guru bakti.
Tahun 1980 — Peleburan PGA
PGA 4 Tahun dileburkan dan secara resmi digabung menjadi MTsS Samalanga, memanfaatkan 7 ruang kelas dan 1 ruang kantor.
Tahun 1991 - 1993 — Perjuangan Status Penegerian
Setelah sempat diusulkan pada tahun 1968, usulan penegerian kembali digalakkan secara intensif pada tahun 1991 hingga pengusulan ulang ke Lembaga Islam Jakarta pada tahun 1993.
Tahun 1995 — Resmi Menjadi Madrasah Negeri (MTsN Samalanga)
Di bawah kepemimpinan Bapak Ali Basyah Amin BA, madrasah mendapatkan bantuan 9 ruang kelas baru. Pada tahun ini, SK Menteri Agama RI resmi menegerikan MTsS Samalanga menjadi MTsN Samalanga.
Tahun 2003 - 2014 — Era Dinamis Terstruktur
Kepemimpinan diamanahkan berturut-turut kepada Bapak Dhiauddin Abdullah, S.Ag., dilanjutkan oleh putra daerah Bapak Ibran, S.Ag., hingga Bapak Drs. Hamdi yang terus konsisten mengembangkan fasilitas belajar.
Tahun 2015 - Sekarang — Transformasi Menjadi MTsN 3 Bireuen
Dipimpin oleh Ibu Hj. Nathalli, S.Pd. Pada tahun 2017, sesuai aturan penomoran madrasah, nama instansi resmi bertransformasi menjadi MTsN 3 Bireuen, yang bermakna urutan ketiga sebagai madrasah tertua yang didirikan di Kabupaten Bireuen.